医療費控除 計算 年収で還付はどう変わる？よくある誤解を整理

「医療費が戻る」は誤解。戻るのは税額の一部です

医療費控除は、支払った医療費そのものが還付される制度ではありません。1年間（1月1日〜12月31日）に支払った医療費から、保険金などで補填された額と足切り額を差し引き、残った控除額を所得から引く「所得控除」です。実際に軽くなるのは、控除額×所得税率の所得税と、控除額×10%の住民税です。

年収が高いほど還付が増える？計算の考え方

同じ医療費でも、所得税率が高い人ほど所得税の還付は大きくなります。たとえば控除額20万円（医療費30万円）なら、年収500万円（所得税率5%帯）で所得税1万円＋住民税2万円＝約3万円、年収800万円（20%帯）で所得税4万円＋住民税2万円＝約6万円という目安です。別の試算でも、年収500万円で約30,210円、年収700万円で約59,820円と、税率帯の差が還付額に表れています。

ただし「年収」と「課税所得」は別物です。所得税率は、年収から給与所得控除・基礎控除・社会保険料などを差し引いた課税所得で決まります。令和8年分（2026年分）は基礎控除が合計所得489万円以下で104万円に引き上げられ、年収500万円は10%帯から5%帯に下がったとされています。年収だけで還付額を断定しないようにしましょう。

よくある誤解：10万円を超えないと使えない？

総所得金額等が200万円未満の人は、足切り額が10万円ではなく「総所得金額等の5%」になります。そのため医療費が10万円以下でも控除を受けられる場合があります。控除額の上限は200万円です。

また、医療費控除は年末調整では処理できず、自分で確定申告（還付申告）が必要です。還付申告は対象年の翌年1月1日から5年間行えます。

実務でのポイント

• 共働きなら、税率の高い方が家族分をまとめて申告すると還付が大きくなりやすい
• 生命保険の入院給付金や高額療養費は、その給付の対象となった医療費からのみ差し引く
• 判定は支払日ベース。クレジット払いは原則としてカード利用日が支払日になる

自分の年収と手取りの水準は給与データで確認できます。控除の前提となる課税所得の考え方は記事一覧の関連記事も参考にしてください。

FAQ

年収500万円で医療費控除はいくら戻りますか？

控除額20万円（医療費30万円）の場合、所得税約1万円＋住民税2万円で約3万円が目安とされています。ただし所得税率は年収ではなく課税所得で決まるため、実際の金額は社会保険料や各種控除の状況で変わります。

年収が低いと医療費控除は意味がないのでしょうか？

所得税がかかっていない場合は所得税の還付はありませんが、住民税の軽減は受けられます。総所得金額等が200万円未満の人は足切り額が所得の5%になるため、医療費が10万円以下でも対象になる場合があります。

医療費控除は年末調整で受けられますか？

受けられません。医療費控除は年末調整の対象外で、自分で確定申告または還付申告を行う必要があります。還付申告は対象となる年の翌年1月1日から5年間行えます。